在寒冷的冬季，使用生物菌肥不僅可以活化在土壤中被固定的營養元素，且有利于根系的生長，但是不可盲目使用，應該根據不同的棚室土壤的環境情況來確定，否則很可能就會花了錢卻得不到效果。

一是土壤濕度。
    土壤含水量過大或不足都會影響生物菌肥的施用效果。因為生物菌肥內的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤見干見濕時生命力才活躍。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理澆水，選擇晴天上午澆小水，這樣不僅能提高地溫，還能通過放風排濕。注意澆水后要進行劃鋤，以此來增加土壤通透性，利于生物菌發揮效果。
　　
二是土壤溫度。
    據了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18～25℃時生命活動活躍，15℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，要注意調控好地溫。這就需要首先控制好棚內的氣溫，以氣溫促地溫回升。一般棚內氣溫白天應保持在25～30℃為宜，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，維持地溫恒定，除了采取地膜覆蓋外，可在操作行內覆蓋作物秸稈。
　　
三是土壤酸堿度。
    資料表明：土壤偏酸或偏堿都不利于生物菌的生長繁殖。土壤pH值在6.5～7.5之間時適合生物菌的繁殖，菜農可根據自己土壤的情況進行改造，讓土壤pH值達到6.5～7.5，保證生物菌大量繁殖。
　　
    另外，在施用生物菌肥后，還要注意增加土壤有機質，也就是增施有機肥。因為生物菌在土壤有機質豐富的前提下才能發揮出效果來。生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有機物來實現的，如果土壤中的有機肥施用不足，那么它是分解不出養分來的。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有機肥。